A proposta orçamentária anual é feita em geral em julho do ano em curso para o exercício do ano seguinte, com base em limites definidos pelo MEC para cada ação/atividade. O prazo para especificar os valores em cada item é sempre muito curto, de alguns dias. A Universidade não define esses limites, por exemplo, no caso da Matriz ANDIFES o limite depende dos indicadores institucionais (número de matriculas, alunos concluintes, etc.). Não há como alterar valores dos limites. O aumento percentual no valor total do orçamento é aplicado aos valores do ano anterior para fins de distribuição no orçamento do ano seguinte. A proposta orçamentária é então incluída na Proposta de Lei Orçamentária Anual (LOA) do MEC.